国立T大学に通う女子大生の牧村祥子が、入居しているアパートの自室で、死体となって発見された。警察は自殺だと判断したが、幾つかの矛盾した供述が出て来た事から、自殺・他殺の両面を視野に入れた捜査を開始する。同じ大学生で仲の良かった加賀恭一郎ら6人の仲間も、様々な思いを錯綜させながら、祥子が残した日記を元に死の謎を解こうとしていた。しかしかつての茶道部の顧問で恩師・南沢雅子の家に事件の報告を兼ねて集まり、毎年恒例の「雪月花之式」で茶をたてている最中、今度は波香が亡くなってしまう。

高柳バレエ団の事務所で男が殺された。被疑者は女性団員。バレエ団側は正当防衛を主張するが、捜査の結果、幾つかの不審点が浮かび上がって来る。そうした中、今度はバレエ団の敏腕演出家が毒殺された。果たして、第一の事件と関係があるのか。

OLである和泉園子は、ある日路上で絵を売っていた佃潤一と恋に落ちる。しかし親友である弓場佳代子に潤一を紹介して数ヶ月が経ったある晩、潤一から別れを切り出される。潤一が佳代子に心変わりしたのが原因と知り、園子は深く絶望する。それから数日後、園子の兄康正は遺体となった妹を発見する。巧妙に自殺を偽装されていたものの肉親としての直感から他殺であると看破した康正は、自らの手で犯人に裁きを下すことを決意する。やがて潤一と佳代子に辿り着いた康正は確信する。潤一と佳代子、どちらかが彼女を殺した。

有名小説家の日高邦彦が自宅で他殺体となって発見された。刑事の加賀恭一郎は、日高の親友である児童小説家の野々口修が書いた「事件に関する手記」に興味を持つ。加賀は聞き込みや推理を通して、野々口の手記に疑問を抱くようになる。やがて犯人が明らかになるが、犯人は犯行の動機を決して語ろうとはしないのだった…。

脚本家の穂高誠が、結婚式当日に毒殺された。容疑者は被害者のマネージャー、花嫁の兄、敏腕編集者の3人。事件後、3人は密かに述懐する。『私が彼を殺した』と。

弓削バレエ団の事務員・早川弘子の死体が発見された。場所は自宅マンションの植え込みの中だった。警察の調査により、彼女は7階にある自室バルコニーから転落死したことが判明した。彼女は死ぬ1週間前に引っ越したばかりだった。練馬警察署の刑事・加賀恭一郎は、同じマンションに住み、同じ劇団で働く寺西美千代に目をつける。

前原昭夫は、妻と一人息子、そして母親と一緒に暮らしているごく普通の家庭を持っているサラリーマン。しかし、妻・八重子は義母を疎み夫をなじり続け、息子の直巳は親和性に欠ける。そして母・政恵は認知症となってしまい、それぞれから問題を与える「家庭」は昭夫にとって安らぎを与えてくれる場所とは言い難い存在になっていた。そんな家族の元に少しでも戻りたくないとオフィスにいた昭夫は、八重子から「早く帰って来て欲しい」と電話が入る。切迫した様子を訝しみ、家路に急いだ昭夫は、自宅の庭でビニール袋を掛けられた幼女の遺体を目撃してしまう。全ては直巳が少女を自宅に連れ、身勝手な理由により殺害したものだった。一時は警察に通報しようとした昭夫だが、八重子に強く懇願され、やむなく息子のために事件の隠蔽を画策する。遺体を自宅から遠ざけるため、深夜に住宅地近くの銀杏公園に少女の遺体を遺棄するのだった。

日本橋小伝馬町で一人暮らしの40代の女性が絞殺された。日本橋署に着任したばかりの加賀恭一郎は、自身にとって未知の土地の日本橋を歩き、事件や被害者と何らかの接点を持った家族や店を訪れる。加賀は事件に残されたいくつかの謎の解明のため、その謎に関わった当事者達の様々な想いを一つずつ解きほぐしていき、そしてそれらの解決を通じ絞殺事件そのものの真相にたどり着いていく。

寒い夜のこと。日本橋の欄干にもたれかかる男を巡査が目撃する。男の胸にはナイフが刺さっていた。どうやら男は死にかけた状態でここまで歩いてきて、力つきたようだ。その後、男は病院で死亡してしまう。 加賀と松宮も参画して事件の捜査が始まる。その中、事件直後に若い不審な男が現場から逃走中にトラックにはねられ、昏睡状態に陥っていることが分かった。「彼が人殺しをするはずがない」と否定する恋人。しかし、彼の持ち物からは被害者が持っていた財布と書類鞄が発見される。そして、被害者とのある関係が浮上したことから、警察は不審な男を犯人と断定し裏付け捜査を進めてしまう。 一方、被害者が部長を務めていた会社で「労災隠し」が発覚し、その責任が被害者にあることが公になる。このことで被害者家族は一転して世間・学校からのバッシングにさらされてしまう。 果たして、若い男は犯人なのか。被害者はなぜ瀕死の状態で日本橋まで歩いてきたのか。加賀と松宮はその真相に挑む。

小菅のアパートで滋賀県在住の40代女性・押谷道子の腐乱遺体が発見された。アパートの住人は越川睦夫と名乗る男性で、現在越川は消息を絶っていた。捜査一課の松宮は殺害時期や現場が近い新小岩での河川敷で発生したホームレス焼死事件との関連性を感じながらも、道子の住む滋賀県での捜査で道子が中学の同級生で演出家の浅居博美を訪ねに上京したことを突き止める。しかも博美は松宮の従兄で日本橋署の刑事・加賀の知り合いだった。松宮から博美についての意見を求められ、初めは管轄違いということもあり捜査の助言を送る程度だった加賀だったが、アパートで見つかった日本橋にある橋の名前を月毎に書き込んだカレンダー（1月：浅草橋、2月：左衛門橋、3月：西河岸橋、4月：一石橋、5月：柳橋、6月：常盤橋、7月：日本橋、8月：江戸橋、9月：鎧橋、10月：茅場橋、11月：湊橋、12月：豊海橋）の存在が、この事件を思わぬ形で加賀の中で燻っていた失踪した母に関する謎と直結させることとなる。